第2种观点： 行政部门应当在立案之日起三个月内作出处罚决定。1.案件办理过程中的听证、公告、监测、鉴定、送达等时间不计入期限。行政处罚案件的期限一般是90天，在行政处罚中规定，行政执法案件从立案到结案一般不能超过90天，如果案情相对复杂的，经过有关部门的批准之后可以延长30天。2.立案是农业行政处罚的一般程序的第一个步骤，一般由工商行政管理机关自收到投诉、申诉、举报、其他机关移送、上级机关交办的材料之日起七个工作日内予以核查，并决定是否立案;特殊情况下，可以延长至十五个工作日内决定是否立案。对于不予立案的投诉、举报、申诉，经工商行政管理机关负责人批准后，由办案机构将结果告知具名的投诉人、申诉人、举报人。3.农业行政处罚决定法制审核的主要内容包括：（一）本机关是否具有管辖权；（二）程序是否合法；（三）案件事实是否清楚，证据是否确实、充分；（四）定性是否准确；（五）适用法律依据是否正确（六）当事人基本情况是否清楚；（七）处理意见是否适当；（八）其他应当审核的内容.。 法律依据：根据《农业行政处罚程序规定》第四十一条第一款关于“农业行政处罚案件自立案之日起，应当在三个月内作出处理决定.特殊情况下三个月内不能作出处理的，报经上一级农业行政处罚机关批准可以延长至一年”之规定。.对专门性问题需要鉴定的，所需时间不计算在办案期限内。
第3种观点： 除依法可以当场决定行政处罚的外，农业行政处罚机关对发现或举报事实比较复杂或情节比较严重的农业行政违法行为，决定依法实施行政处罚的，应按下列程序办理：（一）登记立案。受案人应当填写《行政处罚立案审批表》，报农业行政处罚机关主管领导批准立案。（二）调查取证。农业行政处罚机关必须对案件情况进行全面、客观、公正的调查收集证据；必要时，依照法律，法规的规定，可以进行检查。并依法制作《询问笔录》、《现场检查（勘验）笔录》、《抽样取证凭证》、《证据登记保存清单》等文书。（三）审查定案。执法调查人员在调查结束后，认为案件事实清楚，主要证据充分，应当制作《案件处理意见书》，报农业行政处罚机关负责人审查。经审核后，处罚机关应制作《行政处罚事先告知书》，告知拟给予的行政处罚内容及其事实、理由和依据，并告知当事人可以在收到告知书之日起三日内，进行陈述、申辩。符合听证条件的，告知当事人可以要求听证。（四）处罚决定。违法事实清楚，证据确凿的案件，应当根据情节轻重，作出处罚决定。《行政处罚决定书》由执法人员制作，《行政处罚决定书》一式三份，其中一份交当事人，一份执法大队留存，一份归档。（五）送达。《行政处罚决定书》应当在宣告后当场交付相对人；当事人不在场的，应当在七日内送达相对人，并由相对人或者代收人在《送证回证》上签名或盖章；相对人或者代收人拒绝接收的，可留置送达。直接送达有困难的，可以委托送达，也可邮寄送达、公告送达。（六）处罚的执行。相对人逾期不履行行政处罚决定的，农业行政处罚机关可以对其每日按罚款数额的3%加处罚款或者制作《强制执行申请书》申请人民强制执行。（七）结案归档。案件终结后，案件执法人员应填写《行政处罚结案报告》，报领导审批结案，并将全部案件材料立卷交农业行政处罚机关归档。农业行政处罚一般程序就是以上内容。